Er is regelmatig contact met de jeugdbeschermingscomité en jeugdrechtbank alsook met de sociale dienst van de gemeente.Dit allemaal in het belang van het kind. Als het thuis niet meer gaat of er zijn teveel problemen in de omgeving van het kind, dan kan de school via externe diensten ingrijpen.
Wanneer leerlingen nood hebben aan psychiatrische hulpverlening, is er een goede samenwerking met het Dr. Guislain-instituut. Eén van de afdelingen bevindt zich trouwens vlak naast het schoolterrein.
Er is veel contact met het Sint-Jozefinstituut in de Deynestraat.Dit is een BuSO-school type basisonderwijs en type. Ook zijn er contacten met de BLO-school Rozemarijn, waar veel leerlingen school liepen vooraleer ze naar het BuSO kwamen.Binnen het diocees is er een maandelijks overleg met 15 andere BuSO-scholen. Binnen de inrichtende macht is er het driemaandelijks overleg met zes Vlaamse BuSO-scholen. De directeur,Paul Deprost, is afgevaardigde van de diocesane directies, stuurgroep Gent, en van de directie-commisie secundair, Guimardstraat Brussel.
Het Orthopedagogisch Centrum (OC) is de overkoepelende naam voor het Multi Functioneel Centrum (MFC) Sint-Jozef en de diverse scholen (zowel BuSO School aan de waterkant – type 2, als BuSO Sint-Jozef – type 1en 3, als BLO Sint-Jozef – type 1 ,2,3 ). Het MFC staat in voor de opvang en de begeleiding van interne en semi-interne leerlingen buiten de klastijd en in de vakantieperiodes. “Interne leerlingen” verblijven in verschillende leefgroepen, waar ze per niveau samen zitten. “Semi-interne leerlingen” gaan elke dag naar huis en worden ’s morgens, over de middag en na vier uur opgevangen in de leefgroepen. Tussen de school en het MFC is er een nauwe samenwerking om de begeleiding van de leerlingen zo goed mogelijk op elkaar af te stemmen.
De school hoort bij het vrij CLB van regio Gent, bij sommigen bekend als Marialand. Het ondersteunt en geeft info aan leerlingen, ouders en onderwijspersoneel.
De school is verbonden met verschillende organisaties en scholen die nacholingen geven. Deze nascholingen kunnen handelen over autisme, kunst en crea, REN, ICT, … Er is een heel groot aanbod op dat vlak. De leerkrachten kunnen dan in naam van de BuSO-school deze bijscholing volgen.